Vojenské zdravotnictví mělo před sebou řadu úkolů, z nichž nejdůležitějšími byly:
    

• vybudovat systém zdravotnického a farmaceutického zásobování
• obnovit, popřípadě zřídit nové divizní nemocnice, lékárny divizních nemocnic a posádkové lékárny
• změnit postavení vojenských zdravotníků (v tom i farmaceutů) a vybudovat systém jejich výchovy a vzdělání
• vytvořit systém přípravy lékárníků - záložníků
  

   Rozpad Rakouska-Uherska vnesl do vojenského zdravotnictví obrovský zmatek. Na území Československa zůstalo po zániku monarchie 75 zdravotnických zařízení (posádkové, zeměbranecké a oddílové nemocnice, domy chorých  atd.), z nichž většina byla postupně zrušena. Z nemocnic utekli nejen nemocní, ale odešla i velká část personálu. Bylo velice obtížné chránit vybavení v nemocnicích před ničením a rozkrádáním. Stalo se i to, že nemocní z radosti nad koncem války  spálili nejen symboly moci Rakouska-Uherska, ale rovněž zdravotnický materiál, zdravotní záznamy, zápisy a úřední listiny.
   V prvních letech po válce byl nejobtížnější boj proti zavlečení infekčních chorob. Vojenské jednotky, které se vracely z bojišť, odmítly snahy o dezinfekci v pohraničních karanténách  a silou si vynutily vjezd do vnitrozemí. Za pomoci civilního zdravotnictví  byly opatřeny očkovací séra proti choleře a tyfu. Pro zabezpečení stálé výroby očkovacích látek zřídila v lednu 1919 vojenská správa ústav pro výrobu sér při záložní nemocnici v Hranicích  na Moravě.

   Po rakousko-uherské armádě zůstala v ČSR celá řada zdravotnických, oděvních a lůžkových skladů, ve kterých byl uskladněn zdravotnický materiál. V roce 1919 Zdravotní oddělení MO rozhodlo vybudovat centrální „Skladiště zdravotních potřeb“ v Praze. Jeho vybudováním byl pověřen mjr. PhMr. František Šperling. V Praze však nebyly nalezeny vhodné prostory, proto byl sklad dislokován do vojenské pevnosti z dob císaře Josefa II. – Josefova, nedaleko Jaroměře a byl přejmenován na Zdravotnický sklad č. 1.
   V roce 1923 v Josefově pracovalo deset vojenských farmaceutů, důstojníků - magistrů farmacie a 4 smluvní lékárníci - civilisté. Sklad v Josefově nebyl určen jen pro zásobování zdravotnickým materiálem, ale současně se zde hromadně vyráběly léčivé přípravky a zdravotnické potřeby. Postupně se v Josefově vybudovaly analytické a chemicko-farmaceutické laboratoře. V roce 1935 se sklad přestěhoval do Bystřice pod Hostýnem.
   Pro zásobování zdravotnických zařízení na Moravě byl vybudován Zdravotnický sklad č. 2 v Bystrovanech, který byl v roce 1927 přemístěn do Hodonína. Jeho vedením byl pověřen štábní kapitán PhMr. Jaroslav Lunga. Sklad zanikl v roce 1936.
Pro zdravotnické zásobování Slovenska a Zakarpatské Ukrajiny bylo určeno „ČS polní zdravotnické skladiště“ v Uherském Hradišti (1919), které bylo v roce 1923 přemístěno do Bzence a přejmenováno na Zdravotnický sklad č. 3. Vedením byl pověřen major PhMr. Jaroslav Hájek. V roce 1927 se tento sklad opět stěhoval, tentokrát do Liptovského Mikuláše.
   Základním článkem zdravotnického (lékařského a farmaceutického) zabezpečení byla divize. U každé divize byla zřízena divizní nemocnice (do roku 1920 se dočasně používal ještě původní název posádková nemocnice). Místo zrušených oddílových nemocnic byly zpočátku budovány posádkové nemocnice (do roku 1920 se nazývaly záložní). V roce 1936 byly divizní nemocnice v souvislosti s přechodem na sborový systém přejmenovány na sborové; číslování nemocnic zůstalo zachováno.
Na území ČSR po zániku Rakouska-Uherska zůstalo osm lékáren posádkových nemocnic, které byly vybudované, zařízené a v souladu s novou organizací dostaly nová čísla. Byly to lékárny v Praze (č.1), Terezíně (č.3), Josefově (č.4), Brně (č.6), Olomouci (č.7), Bratislavě (č.9), Komárně (č.10) a Košicích (č.11). Současně vznikly z bývalých oddílových nemocnic nové divizní nemocnice s lékárnami v Plzni (č.2), Českých Budějovicích (č.5), Opavě (č.8) a Užhorodě (č.12).
   Vybavení vojenských lékáren přístroji a dalším zařízením (kromě léčiv) nebylo za Rakouska-Uherska určeno normou. Odborníci vojenské farmacie si na základě zkušeností z 1. světové války uvědomili problémy, které vznikaly s nesourodým vybavením vojenských lékáren. Bylo zřejmé, že nejen léčiva, ale i vybavení vojenské lékárny musí být určeno normou - předpisem. V letech 1925-1931 vznikl vojenský předpis Zdrav-1-3 „Lékárnická služba v míru“, který vydalo Ministerstvo národní obrany ČSR v Praze roku 1931. Předpis závazně určoval vybavení vojenské lékárny přístroji, nábytkem a dalším zařízením. Jako první podle tohoto předpisu byla nově vybavena lékárna divizní nemocnice č. 1 v Praze.
   Československá vojenská farmacie se zpočátku řídila 6. vydáním  vojenského lékopisu „Militär-Pharmakopöe“ z roku 1891, ale protože byl zastaralý, používal se  v čs. armádě Rakouský lékopis – 8. vydání (do roku 1924). Všechna nařízení uvedeného lékopisu platila i pro vojenskou  farmacii, pokud nebyla vojenskými předpisy výslovně zrušena. Vydání Československého lékopisu se opožďovalo, proto došlo v roce 1925 k vydání služebního předpisu S-II-1a, který nahrazoval vojenský  lékopis.

   Největší a nejmodernější z vojenských lékáren byla lékárna divizní nemocnice č.1 v Praze. O uvedení do provozu po válce se postaral ppor. PhMr. František Vyvozil. Lékárna se nacházela v blízkosti Všeobecné nemocnice na Karlově náměstí. V letech 1919-1921 řídil lékárnu pplk. PhMr. Josef Matějka (20.7.1921 povýšen na plukovníka), od roku 1923 št.kpt. PhMr. Rudolf Mosler. V dalších letech vedli lékárnu št.kpt. PhMr. Evžen Kerlický, št.kpt. PhMr. Josef Němec a od roku 1933 mjr.PhMr. Jaroslav Pospíšil.
V roce 1925 byly prostory vojenské nemocnice na Karlově náměstí dány k dispozici Všeobecné nemocnici. Současně se předpokládalo postavit novou „Masarykovu vojenskou nemocnici“ ve Střešovicích. V roce 1935 byla dokončena I. etapa výstavby.
Lékárna byla umístěna v přízemí, suterénu a v I. poschodí  centrální budovy. Pro plnění uvedených úkolů měla lékárna řadu místností. V přízemí byly umístěny kanceláře správy lékárny, oficína s čekárnou, přípravna léků, laboratoře, příruční skladiště a kancelář oficianta. V suterénu a v I. poschodí se nacházely hlavní skladiště, umývárna, balírna, skladiště skla, skladiště obalového materiálu a výrobna ledu. Suterén, přízemí a I. poschodí byly propojeny výtahem.

   V  Chebu, Praze-Hradčanech, Liberci, Pardubicích, Vysokém Mýtě, Kroměříži, Nitře, Ružomberoku, Trnavě, Prešově, Mukačevu a Užhorodě vznikly posádkové lékárny. Počet posádkových lékáren se měnil s potřebami armády. Posádkové lékárny vedli smluvní lékárníci. Smluvní lékárníci byli civilní lékárníci, kteří podepsali s vojenskou správou smlouvu; dnes bychom řekli že se jedná o občanské pracovníky vojenské správy. V  letech 1923-1939 v posádkových lékárnách pracovalo 36 smluvních lékárníků. Vojenské lékárny typu posádkové byly ve Vojenské akademii v Hranicích, ve Vojenském lázeňském ústavu v Karlových Varech a Vojenském plicním ústavu ve Šternberku, ale tyto provozovali vojenští lékárníci - důstojníci lékárnictva.
Československá vojenská farmacie, stejně jako celé vojenské zdravotnictví se potýkalo s nedostatkem personálu. Z rakouské armády přešlo do československé farmacie 22 lékárníků. Většina z nich měla bohaté válečné zkušenosti, mnozí i zkušenosti z lékárenské služby československých legií.
Ve vojenské zdravotnické službě legií na Sibiři koncem roku 1919 pracovalo asi 140 lékařů a mediků. Farmaceutů bylo 27, z nich 8 diplomovaných magistrů a 19 farmaceutů nemělo ukončena farmaceutická studia.
Farmaceuti pracovali v hlavním lékárnickém skladu ve Vladivostoku. V lékárnickém oddělení náčelníka zdravotnické služby pracoval pozdější generál - farmaceut, v té době kapitán PhMr. Jaroslav Janda. Další lékárníci pracovali v  divizních lékárenských skladech, lékárnách šesti vojenských nemocnic, v  lékárnách zdravotnických vlaků a lékárnách dvou zvěrolékařských nemocnic.